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全外显子分析（WES）的一般步骤-2 全局设置篇
这步是全局设置，主要是Linux下，都以命令行形式，但如果每次都要把全路径打进去，会非常麻烦，因此都会把常用命令用简单的几个字母代表，比如hg19_ref="${tools_dir}/bwa-0.5.9/database/hg19/ucsc.hg19.fasta， 相当于在后续脚本中，只要的hg19_ref， 就可以代表是hg19的基因组了，具体位置在/bwa-0.5.9/database/hg19/ucsc.hg19.fasta，我自己的习惯，一般会放在/home/refer/hg19/ucsc.hg19.fasta
当然上面讲的都是P话，懂点linux的人都懂 下面的我常用的 # script and tools folder export tools_dir="~/tools" export resources="~/R" export PATH=$PATH:$resources # bwa setting (ref Lexicographically sorted ) export bwa="${tools_dir}/bwa-0.5.9/bwa" # human genome ref export hg19_ref="${tools_dir}/bwa-0.5.9/database/hg19/ucsc.hg19.fasta" export REF=$hg19_ref export fai="${tools_dir}/bwa-0.5.9/database/hg19/ucsc.hg19.fasta.fai" # samtools export samtools="${tools_dir}/samtools-0.1.6_x86_64-linux/samtools" export samtoolspath="${tools_dir}/samtools-0.1.6_x86_64-linux" export classpath=$classpath:$samtoolspath # bamtools export bamtools="${tools_dir}/bamtools-fffb428/bin/bamtools" #bedtools export intersectBed="${tools_dir}/bedtools/bin/intersectBed" # GATK export gatk="${tools_dir}/GenomeAnalysisTK-1.3-14-g348f2db/GenomeAnalysisTK.jar" export gatk_analyzecovar="${tools_dir}/ \ GenomeAnalysisTK-1.3-14-g348f2db/AnalyzeCovariates.jar" #DBSNP export DBSNP="${tools_dir}/files/dbSNP135/dbsnp_135.vcf" export DBSNP_idx="${tools_dir}/files/dbSNP135/dbsnp_135.vcf.idx" # REFSEQ export REFSEQ="${tools_dir}/files/refgene/refgene-hg19/refGene-converted.rod" export REFSEQ_idx="${tools_dir}/files/refgene/refgene-hg19/refGene-converted.rod.idx" # Exon target interval file format: # format: http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Input_files_for_the_GATK # Data source for Nimblegen: # http://www.nimblegen.com/products/seqcap/arrays/exome/index.html export # http://www.nimblegen.com/products/seqcap/ez/v2/index.html # http://www.nimblegen.com/products/seqcap/ez/v3/index.html ExonFile="${tools_dir}/files/exon.target.interval_list" # PICARD export picard="${tools_dir}/picard-tools-1.56" export classpath=$classpath:$picard # Java config export heap=8000 # CPUs export CPUs=3 |
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