|
阅读：7293回复：0
ACMG：临床测序中偶然发现的建议ACMG：临床测序中偶然发现的建议 这些建议主要为医学遗传学研究者及医疗护理服务提供者提供教育资源，帮助他们提供更优质的医学遗传学服务。遵守这些建议并不一定保证获得成功的医疗成果，遗传学家应依据患者或标本的具体临床情况，做出相应的专业判断。但是，如果与此建议存在显著偏差应慎重。 1. 首先介绍了偶发变异在临床测序中的背景：对病人护理有医疗价值 外显子及基因组测序（以下简称临床测序）正快速融入于医学临床实践中，随着测序行业价格的不断降低及先进的生物信息学功能，正为包括罕见病的分子诊断、个体化治疗（特别是肿瘤）、药物基因组、孕前、产前筛查、人群疾病风险普查多种医疗情况创造机会，在所有这些运用中有可能会检测并报道附带的偶然变异（或次要）结果，这些结果与排序顺序指示无关，但对病人护理具有医疗价值。先前有很多文献讨论了在实验室研究中检测出的偶然发现的实用性和伦理性，但在临床测序背景下的讨论几乎没有。有些人认为偶然发现不应该写到临床报告中，直到有强有力的证据表明其有益，而其他人主张任何与疾病相关的基因变异可能在医学上均有价值，应该被报告。 ACMG任命了一个工作组（2012年1月）从事当病人进行外显子或基因组测序时并发现了偶发突变，工作组负责提出管理建议。工作组承认，虽然没有足够的证据证明揭示偶发性发现结果的益处，风险和代价，以提供循证建议。尽管如此，根据其成员之间的现有证据和临床共识，工作组确定，报告一些偶然发现可能对接受临床测序的患者和家属有医疗益处。达成这一共识后，该工作组进行了为期长达一年的共识过程及外部专家的同行审查，最终提出了获得ACMG董事会批准的建议。并于2013年，ACMG发表了一篇关于临床测序的官方声明，明确强调了偶发变异可能对揭示患者病情、临床测试及报告结果的重要性。 2. 建议提出的依据： 工作组在整理偶发变异时发现，在患者需要进行临床测序开始到最终报告生成给到患者手上，中间都会都没有关于偶发变异的参考建议，或者基本准则，为了给患者提供最佳的医疗保健服务。工作组分别对临床测序整条链（实验室、临床医生、工作组本身）均进行了规范及具体建议，并详尽地介绍了具体建议给出的背景及合理性分析。 临床测序中偶发变异的推荐建议： 1. 无论患者的临床测序范围为何，只要在最小级范围基因列表上的基因（具体见原文列表）检出有明确突变，实验室的报告中就应列出： a. 只要实验室认为有必要，可以分析额外附加基因的偶发（次要）变异； b. 应该报告偶发（次要）变异，而不管年龄患者。 c. 对于任何组织（但不是肿瘤）上进行的临床测序，应报告偶发（次要）变异。 这包括肿瘤癌旁的正常组织、家族健康成员的正常组织样品。 2. 工作组建议实验室只查找和报告基因列表（具体见原文列表）中给出的基因突变类型； a. 对于大多数基因，只有以前报告的变异才被认为是导致疾病或变异的公认原因，但是以前没有被报道的变异类型预期会导致疾病的发生，如之前ACMG的指南建议的也应该被列到报告中。 b. 对于某些基因，预测功能丧失变异是与疾病是无关联的（例如，COL3A1和大多数增生性心肌病基因）。 c. 对于某些基因（例如APOB），实验室人员应在特定情况下报告某些变异。 3. 专门的临床医师或团队有责任对患者提供全面的测序前及测序后的遗传咨询； a. 临床医生应熟悉临床测序的基本属性和局限性。 b. 临床医生应提醒患者临床测序中检出的偶然变异导致的可能性需要进一步评估。 c. 鉴于基因组信息的复杂性，临床遗传学家应该在适当的时候给患者提供咨询，比如包括专门面对面沟通解释基因检测的结果及具体建议。 4. 这些建议反映了当前基因测序技术的局限性，重点突出对点突变和小插入和缺失引起的疾病，而那些由结构突变，重复扩增或拷贝数变化的变异却检测不出来。 5. 工作组建议ACMG与内容专家和其他专家一起组建专业组织，至少每年完善和更新此列表一次。 工作组认识到临床实用的资料不足支持这些建议（工作组认识到其临床经验主要来源于疾病患者的临床症状或阳性家族史，随着这些变异在没有任何外观上症状或家族史的受检者中检出的事实证据），鼓励创建一个工作团队，持续收集进一步的数据，建议每年至少更新一次建议。（事实上确实是这么做的）。 3. 其中建议中提及术语的具体含义： 临床医生：该术语是指负责直接与患者和家属接触的个体从业者或者临床团队，临床医生应在遗传学和基因组学方面进行过适当的培训和积累准备，了解遗传咨询，家系谱系分析和风险评估，以提供患者与临床测序相关的预测和测试后护理健康建议。 实验室：该术语是指负责针对临床目的进行的测序、分析、解释和报告生成的实体机构。工作组意识到，有些情况下，一个机构可能只会负责生成原始的测序数据，另一个机构可能需进一步评估并解释基因变异，考虑额外或验证性测试并最终发布临床报告，其中后者是这些建议的重点。 患者：该术语用于描述已进行临床测序并有能力对自己的医疗保健做出决定的成年人。 这里所用的术语也适用于指未成年子女的父母或某些决策能力受损的成年人的监护人可能进行这项测试。有些情况下 如果年龄尚小的小孩或决策能力受损的成年人需测序排查，进行检测前及测序后的咨询前，需要得到其家长或监护人的同意，但青少年和轻度决测能力受损的成年人不应被排除在这些讨论之外，应在适当的情况下寻求同意。 首要发现：该术语用于描述给出的基因测序报告中与诊断指标相关的基因或基因组中检出有致病突变（例如，在女孩智力低下，报告检出MECP2中有突变） 偶然发现：该术语已被用于各种临床和研究背景中以表明意外的积极（阳性）发现。也用其他术语来描述这些发现，特别是当这些变异被检出（而不是被意外发现）时，包括偶发性和医源性的发现，非偶然的继发性发现，预期的发现和非靶向结果。在本文中我们用偶尔发现来表示在给出的测序检测结果中特意查找出与诊断指标不显著相关基因的致病或者疑似致病突变。 文献：ACMG
Recommendations for Reporting of Incidental Findings in Clinical Exome and Genome Sequencing |
|
|
